Die Basis der Craniosacraltherapie ist das craniosacrale System. Dieses stellt eine Verbindung zwischen den einzelnen Schädelknochen, den Hirnhäuten, der Wirbelsäule und dem Kreuzbein dar.
Besonders wichtig ist hierbei die Hirnrückenmarksflüssigkeit (Liquor cerebrospinalis), die immer in einer pulsierenden Bewegung ist. Dieser Puls gibt die Taktung des Körpers vor und ist an verschiedenen Stellen des Körpers unterschiedlich lang. Er wirkt sowohl auf den Bewegungsapparat, als auch auf sämtliche Organfunktionen.
Gerät dieser Puls aus der Balance, entstehen Inkohärenzen im Organismus. Diese werden in der Craniosacraltherapie durch sanften Druck, Massagen und andere Techniken behandelt, um die Ungleichgewichte auszubalancieren und den normalen Bewegungsspielraum wieder herzustellen.